Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü 7141 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun ile 18 Mayıs 2018 tarihinde kurulmuştur. İlgili kuruluşun öncesinde ise Enstitümüz, Kütahya Dumlupınar Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü olarak eğitim öğretimine 24 Mayıs 2006 tarihinde başlamıştır. 18 Mayıs 2018 tarihinde yeni bir isim ve yeni kurum hüvviyeti kazanarak 2 Anabilim Dalı ve 35 öğrenci ile eğitim-öğretim faaliyetine başlamıştır. Kısa sürede büyük bir gelişim gösteren KSBÜ Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, bugün 14 Tezli Yüksek Lisans, 2 Tezsiz Yüksek Lisans ve 3 Doktora programı olmak üzere toplam 19 programla öğrencilere geniş bir eğitim yelpazesi sunmaktadır. Enstitü akademik çeşitliliğe ve kaliteli eğitime önem vermekte ve lisansüstü eğitimdeki iddiasını da göstermektedir. Enstitü sürekli gelişim ve yenilenme anlayışıyla hareket etmektedir.
Lisansüstü Eğitim Enstitüsünde eğitim; Yüksek Lisans ve Doktora Programlarından oluşmaktadır. Bu programların hangi Enstitü Anabilim Dallarında açılıp yürütüleceği ilgili Anabilim Dalı ve Enstitü Kurulunun önerisi, Senatonun uygun görüşü ve Yükseköğretim Kurulunun Kararı ile kesinleşir. Enstitümüz Yüksek Lisans ve Doktora öğretimini, YÖK Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliğinin, YÖK Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliğinin ve Kütahya Sağlık Bilimleri Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Lisansüstü Eğitim-Öğretim Yönetmeliğinin hükümleri çerçevesinde yürütmektir.
Yüksek lisans programı; en az dört yıl süreli bir yükseköğretim kurumundan lisans diploması ya da buna eşdeğer bir derece almış olanların, bu eğitim üzerine yapacakları dört yarıyıl süreli öğrenim, bilimsel araştırma ve uygulama faaliyetlerini kapsar. Tezli yüksek lisans programının süresi bilimsel hazırlıkta geçen süre hariç, kaydolduğu programa ilişkin derslerin verildiği dönemden başlamak üzere, her dönem için kayıt yaptırıp yaptırmadığına bakılmaksızın dört yarıyıl olup, program en çok altı yarıyılda tamamlanır. Tezsiz yüksek lisans programını tamamlama süresi, bilimsel hazırlıkta geçen süre hariç, kaydolduğu programa ilişkin derslerin verildiği dönemden başlamak üzere, her dönem için kayıt yaptırıp yaptırmadığına bakılmaksızın en az iki, en çok üç yarıyıldır. Bu sürenin sonunda derslerden, dönem projesinden başarısız olan ve genel not ortalaması 2,50’den az olan öğrenciler başarısız kabul edilerek öğrencinin ilişiği kesilir.
Doktora programı, bilimsel hazırlıkta geçen süre hariç tezli yüksek lisans derecesi ile kabul edilenler için kaydolduğu programa ilişkin derslerin verildiği dönemden başlamak üzere, her dönem için kayıt yaptırıp yaptırmadığına bakılmaksızın sekiz yarıyıl olup azami tamamlama süresi on iki yarıyıl; lisans derecesi ile kabul edilenler için on yarıyıl olup azami tamamlama süresi on dört yarıyıldır.
Enstitümüz Kütahya-Afyonkarahisar yolu üzerinde yer alan Germiyan Yerleşkesinde hizmet vermektedir.